Nhiều bệnh của chó có nguồn gốc từ sự lai cận giống trong thời kỳ đầu tạo giống.[37] Một trong các biểu hiện thường gặp là lệch xương chậu và xương vai, khiến cho chó có thể bị đau khi về già, và bị viêm khớp.[38] Một nghiên cứu của Đại học Zurich trong số chó cảnh sát cho thấy 45% số chó bị thoái hóa cột sống, dù rằng chỉ có một ít chó được nghiên cứu.[39] Hiệp hội chỉnh hình động vật cho biết 19.1% chó chăn cừu Đức bị ảnh hưởng bởi chứng phát triển xương chậu bất bình thường [40] Cũng vì vấn đề này mà độ ưa chuộng chó chăn cừu Đức trong ngành cảnh sát và quân đội trên thế giới bị giảm đi. Thậm chí trong quân đội Đức, người ta cũng ngày càng sử dụng nhiều chó Malinois hơn.[41] Do tai lớn và vểnh, chó chăn cừu dễ bị nhiễm trùng tai.[42] Chó chăn cừu Đức, cũng như các loại chó lớn khác, dễ bị trương bụng.

Tuổi đời trung bình của chó chăn cừu Đức là từ 7-10 năm,[43] tức là bình thường với chó có kích cỡ như vậy.[44] Bệnh degenerative myelopathy, một loại bệnh thần kinh, khá phổ biến trong giống này, cho thấy có lẽ giống này có thiên hướng bị bệnh đó.[45] Thêm vào đó, chó chăn cừu Đức có tỷ lệ nhiễm bệnh Von Willebrand Disease cao hơn bình thường, là một loại bệnh chảy máu di truyền.[46]